A molibdénnek két forrása van a környezetben

(1) Az időjárás hatására molibdén szabadul fel a kőzetekből. Becslések szerint évente 1,000 tonna vízbe és talajba kerül, és a környezeten keresztül vándorol. A molibdén egyenetlen eloszlása ​​a molibdén hiánya miatt egyes területeken "talaj- és vízbetegségeket", a magas molibdéntartalom miatt egyes területeken "köszvénybetegségeket" (pl. Örményország) okoz.
(ii) A molibdén emberi tevékenységekben való szélesebb körű alkalmazása és a molibdéntartalmú fosszilis tüzelőanyagok (pl. szén) elégetése megnövelte a környezetben keringő molibdén mennyiségét. Világszerte évi 100,000 tonna molibdént termelnek, és évente 800 tonna molibdén ég el és kerül a környezetbe. Az emberi tevékenység által a ciklushoz hozzáadott molibdén mennyisége meghaladja a természetes körforgást. A molibdént leginkább használó iparágak a kohászat, az elektronika, a rakéták és az űripar, az atomenergia, a kémia és a mezőgazdaság. A molibdénszennyezést nem vizsgálták eléggé.

A molibdén szállítása a környezetben összefügg az oxidáló és redukáló körülményekkel, a környezet savasságával és lúgosságával, valamint egyéb közegek befolyásával. Minél oxidálóbb és lúgosabb a víz és a talaj, annál könnyebben képződik a molibdén MoO-ionok; a növények ebben az állapotban felvehetik a molibdént. Növekszik a környezet savassága vagy a redukálhatósága, a molibdén könnyen átalakul komplex ionokká, és végül MoO-t képez; A molibdénnek ezt az állapotát agyag- és talajkolloidok és huminsav könnyen rögzítik, inaktívvá válik, és a növények nem tudják felvenni. Az óceánban a mélytengeri redukáló környezet hatására a molibdén szerves anyagok adszorbeálják, majd mangánt tartalmazó kolloidokba csomagolják, végül csomókat képezve, amelyek a tenger fenekére süllyednek, és kikerülnek a bioszféra körforgásából.
A molibdén csekély hatással van a melegvérű állatokra és halakra. A magas molibdénszint negatív hatással van a növényekre, a tesztek azt mutatják, hogy: a molibdén koncentrációja 0,5 ~ 100 mg/liter, ha a len növekedése eltérő mértékű hatással lesz; 10-20 mg / liter, ha a szójabab növekedése káros hatással van; 25–35 mg/liter, ha a gyapot növekedése enyhén káros; 40 mg / liter, ha a cukorrépa növekedése káros hatással van. Ha a vízben a molibdén koncentrációja eléri az 5 mg/l-t, a víz biológiai öntisztulása gátolt lesz; 10 mg/l-nél ez a hatás még jobban gátolt, és a víz erős fanyar ízű; 100 mg/l-nél a víztest mikrobaszaporodása lelassul, a víz keserű ízű. Kína előírja, hogy a talajvízben a molibdén megengedett legnagyobb koncentrációja 0,5 mg/l, az oldható molibdén legnagyobb megengedett koncentrációja a műhely levegőjében 4 mg/m3; az oldhatatlan molibdén pedig 6 mg/m3.